Wie der Name vermuten lässt, liegen die Rebberge der Drei-Seen-Region an drei Seen: dem Neuenburger-, Murten- und Bielersee. Sie besitzen eine Fläche von 947 Hektar und verteilen sich auf die Kantone Neuenburg, Bern, Freiburg, Waadt und Jura. Pinot Noir ist die bedeutendste rote, Chasselas die wichtigste weiße Sorte. Dahinter reihen sich Pinot Gris und Chardonnay ein. Mit 599 Hektar bedeutendster Weinbaukanton ist Neuenburg. Hier ist der Pinot Noir König. Er fühlt sich auf den kiesigen, kalkreichen Terroirs pudelwohl und ergibt finessenreiche Weine im burgundischen Stil. Zwei Spezialitäten von Neuenburg sind der Oeil-de-Perdrix, ein Rosé, ausschließlich aus Pinot Noir gekeltert, und der unfiltrierte Chasselas Non-filtré. Zwischen La Neuville und Biel wachsen die Reben am Bielersee auf steilen Rebterrassen. Die Gesamtrebfläche des Gebiets beträgt 220 Hektar. Dank einer großzügigeren Gesetzgebung finden sich hier auch Spezialitäten wie Malbec, Sauvignon Blanc und viele andere Sorten. Ein kleines, feines Anbaugebiet liegt am Mont Vully in den Kantonen Freiburg und Waadt entlang des Murtensees. Chasselas ist hier vor Pino Noir die Hauptsorte. Doch es gedeihen auch zahlreiche Spezialitäten wie Gewürztraminer, Gamay und Gamaret.
